张国焘最终选择了第三条。而张国焘叛变后，仅被安排在戴笠手下做特务工作，几年之后，张国焘和李克农这对昔日战友还正面对抗过，张国焘唯有一声叹息：“碰到李克农，算我倒霉”。

摸清了蒋介石的底牌
　　抗日战争胜利后，国民党主力部队难以在短期内调往各地战场，战略态势于国民党十分不利。为争取时间备战，蒋介石于1945年8月14日、20日和23日连发三电，邀请毛泽东赴重庆进行“和谈”，“共商国是”。
　　毛泽东早已料到蒋介石“假和平、真备战”的伎俩。8月16日，毛泽东一面回函蒋介石：“我将考虑与你会见”，一面将时任中共中央社会部部长的李克农召至跟前。“蒋介石发电报要我去"和谈"，并不意外。"七大"上我就说过：谈是要谈的，但他们不会有诚意，谈拢的希望一丝一毫也没有。不过，人家已经发了邀请，我们能不去？现在，关键是要尽快搞到具体情报，摸摸蒋介石的底，看看他的葫芦里到底卖的什么药。”毛泽东交给李克农的是一项艰巨任务。
　　李克农准确地预料到，国民党延安驻地近期肯定会跟重庆方面就谈判有密电来往。离开毛泽东住处，他便迅速组织情报系统日夜监听国民党电台。李克农从浩繁的往来密电中摸清了蒋介石的底牌：如果毛泽东不去重庆，便宣布共产党拒绝和平，将内战的责任推给共产党；万一毛泽东来了，则正好通过谈判对其施加压力，逼迫共产党交出军队和解放区。同时趁机拖住毛泽东，争取时间，进行全面内战的准备。
　　1945年8月25日，中共中央做出决定：由毛泽东偕周恩来、王若飞等赶赴重庆，进行和谈。准备随行的中央警卫团战士们都意识到：即使付出鲜血和生命，也要确保毛主席的安全！特别是担负主要警卫任务的颜太龙等人，他们的心里牢记着李克农的命令：“此次任务，关系重大。如果国民党特务掏出手枪来，那不是你们的罪过。但是刺客的子弹打出来，我可要你们的脑袋！”
  毛泽东等人临行前，在延安机场，送行的人不断涌来。李克农亲自把守着机舱门，毛泽东来到机舱口，两人紧紧地握着手。“主席，您多保重……”李克农有些哽咽地说道。毛主席依然幽默风趣，“克农啊，男儿有泪不轻弹嘛！这回去重庆，刚好和分别20年的蒋介石见见面，有啥子不好嘛。你看看，你用这咸豆豆欢送我……”
　　28日晚8时。重庆林园官邸。蒋介石频频举杯向毛泽东敬酒，脸上露出略带尴尬的笑容。因为国民党的情报机构在毛泽东登机前，还向他汇报：毛泽东不会去重庆。毛泽东给他的最后复电，是在飞机上发出的。此时，毛泽东也在笑，笑容中包含着对李克农情报工作的满意和赞赏。

在毛主席房间发现炸弹
　　北平和平解放后，情势仍不容乐观。有资料显示，在当时的北平城内，仅国民党特务组织就有114个，职业特务达8500多人。
　　1949年2月，解放军举行了入城仪式。按计划，5月党中央就要正式进入北平了。然而，若不铲除这些特务、间谍组织，就不能保证毛主席和党中央的安全。
　　面对复杂局面，李克农首先清晰地分析了敌人的心理。他认为，面对浩浩荡荡的人民解放军，城中的敌特早已如惊弓之鸟，遂决定争取敌人主动自首，然后顺藤摸瓜，将暗藏的敌特一网打尽。李克农命令北平市公安局侦讯处，开展对国民党各系统特务分子的秘密自首登记工作。在不到两个月的时间里，前来自首登记的特务达2000多人。随后，北平公安机关根据自首人员提供的情况，展开大搜捕。北平城的状况有了明显好转。
　　尽管肃特工作成效显著，但仍有不少敌特人员潜伏在城内。为确保万无一失，李克农向中央建议暂时住在香山。在征得中央同意后，李克农就和北平市公安局秘书长刘进中一起赶往香山双清别墅，亲自检查毛泽东住所。