一、电子商务对传统流转税的影响
1.电子商务的跨国性使互联网上国界概念日益模糊，从而导致一系列税收问题。用户足不出户即可购买外国厂商的成品，例如网上软件，使正常渠道进出口货物和劳务数量受到了影响，造成各国关税、国内增值税的流失。
2.电子商务无纸化冲击着传统的以账册凭证为依据进行征纳税的方式。长期以来，各国税收征管都离不开对凭证、账册的审查，各国税法普遍规定，企业必须如实记账并保存账册凭证若干年。现在电子商务实行的是无纸化操作，因而现行增值税依据发票扣缴、营业税依率计征的方式就相对滞后了，“而且这种交易不仅无凭证，且一般都设有密码，造成了传统的税务审计对此无法可查。”
3.大量的网上广告间接地造成税款流失。网上广告与传统媒体上的广告形式的最大区别之一是费用低，因而随着网络技术的发展，很多企业会把广告费投向网络，这将间接导致营业税收入的减少。
二、电子商务对所得税的影响
电子商务使传统的国际税收理论中一系列的基本概念受到冲击，跨国所得避税会更加严重。
1.常设机构的概念和范围界定遇到了困难。OECD税收协定范本还规定：非居民在某国内设有代理人，而后者又有代表其从事经营活动的权利，则可以认定该非居民在某国设有常设机构。然而，许多客户通过互联网购买外国商品和劳务，外国销售商并没有在该国拥有固定的销售场所，其代理人也无法确定。这样，就不能依照传统的常设机构标准进行征税。
2.国际税收管辖权的冲突。在一国对非居民行使什么样的税收管辖权的问题上，目前国际上一般都坚持收入来源地税收管辖权优先的原则。随着电子商务的出现，各国对所得来源地的判定发生了争议。美国作为电子商务发源地，于1996年11月发表了《全球电子商务选择性的税收政策》一文，声称要加强居民（公民）税收管辖权。这样，“发达国家凭借其技术优势，在发展中国家属地会强占其原属本国的税源，使发展中国家蒙受税收损失。”
3.国际投资所得避税问题将更加严重。随着电子商务的日益完善，导致网上国际投资业务的蓬勃发展，设在某些避税地的网上银行可以对客户提供完全的“税收保护”。假定某国际投资集团获得一笔来自全球的证券投资所得，为躲避所得税，就可以将其以电子货币的形式汇入此类银行。
三、针对电子商务的若干税收对策
1.从一般原则来说，电子商务作为代表未来新经济方式的一个重要方面，对其发展的初期必须从政策上予以保护和支持。就世界范围来说，对电子商务征税采取中性原则已经成为共识，如1996年11月美国财政部发表《全球电子商务选择性的税收政策》报告认为税收中性指导电子商务征税的基本原则，不通过开设新的税种或附加来征税，而是通过修改现有税种，使它适用于电子商务，确保电子商务的发展不会扭曲税收的公平。
2.从长期来看，电子商务必将成为贸易的主要方式之一，如果对其不维持至少与其他产业一样的税负水平，则会产生新的税负不平衡，会使政府的收入产生较大的缺口，从而不能满足正常公共支出的需要；从现在情况来看，发达国家和不发达国家在此问题上可能存在不同看法。对中国这样的发展中国家，电子商务相对落后于美国等发达国家，如果采取简单的中性原则，有可能会损害作为电子商务中净进口国的财政利益。因此，在此问题上发展中国家必须坚持对电子商务的税收管辖权。如对于在中国进行网上销售的外国公司，均要求其在中国进行注册，中国消费者购买其商品在汇款时应该汇到该公司在中国设立的专门账户上，以此为依据可征收增值税等税收；对直接通过国际互联网进行软件、书籍等销售的，中国政府应该根据消费地原则征收增值税、关税等。具体可通过一定的技术手段对利用国际互联网进行购买的情况通过强制地与税务系统和海关系统的链接，计算各种应正常缴纳的税收。
3.尽管电子商务对传统的常设机构概念有所冲击，但企业如果从事电子商务，一般都必须具备设立网站和服务器，如果其具有相对固定的网站和服务器，则基本可以认定该网站和服务器为常设机构。因为它已经具备了OECD协定范本中对“常设机构”的定义，即“常设机构”是指“企业进行部分或全部营业的固定营业场所”。它主要涉及“进行营业”、“固定”和“场所”三个要素。如果说仅有网站或仅有服务器还不能构成常设机构的话，那么通过两者的结合来“进行营业”则完全可成为常设机构。对通过它取得的营业利润征所得税也是自然的事。
4.在目前中国信息业发达的地区，税务机关可以上网，应尽快实现与国际互联网的全面连接，并实现在网上与银行、海关、网上商业用户的连接。这样通过对从事网上交易的企业要求电子申报，既能实现真正的网上稽查与监控，又能加强与各国税务当局之间的信息沟通，加强网上税务合作，防止利用互联网进行跨国偷避税。
5.对网上贸易可能进行税源监控的一种做法是税务机关可对厂商和网络服务商实行备案和电子商务单独建账制度。前者是指用税法规定上网企业和服务商分别将企业上网材料报送当地税务机关，便于对其进行控管和审核；后者是通过要求上网企业将网上服务和产品销售业务单独建账，并对其进行审查。
6.为确定电子交易的双方，以便确定纳税人，掌握有关交易，应对联网计算机进行定位，确定上网居民的身份。可以为每台计算机的中央处理器编制惟一的序列号，这在技术上已可以实现。编制处理器序列号一方面在提高网上购物安全性方面有重要价值；另一方面有利于税务机关确定交易双方的身份。因为税务机关可以对处理器序列号进行登记，并编制对应的纳税号，然后将两者存入纳税人信息库中。这样，通过处理器序列号和纳税号可以确定上网居民的身份，然后对于使用信用卡的居民，以信用卡收付数据作为计算流转税的依据；对于使用电子货币的居民，由银行发行或兑换电子货币时进行扣缴税款；对于使用外汇的居民，实行外汇用途申报制度，其中属于商务性的，可由汇出邮局或银行代扣一定税款。