建立与分税制财政体制相适应的机构运行机制,是税制改革的重要内容之一。这对于理顺分配关系，充分调动中央和地方两个积极性, 使中央和地方税收的主体税种及地方税种的征收管理都得到有效的加强。但勿膺讳言,经过近八年的运行,一些不适应的深层次问题也逐渐暴露出来,显示出现行体制已适应不了我国加入WTO和社会主义市场经济的需要，必须进行改革。因此,完善我国税务机构的运行机制已成为税收工作面临的新课题。
一、现行机构存在的弊端
分税制,即是按一定的方法将各个税种的归属权、管理权、立法权等划分给各级政府的一种财税管理体制。我国现行分税制,其核心是分事权、分财权分税权、分设税务征收机构。分设税务征收机构的目的在于，从组织制度上给税收执法提供条件，在这里,仅就分设税务征收机构存在问题进行讨论。
(一)从政治角度来分析。一是我国是多民族、团结统一的大国，我国公民的文化素质较低，法制观念还不高，将国家税收人为地分为国税、地税，容易给人们灌输一种中央收国税，地方收地方税的感觉，无形之中形成一种中央和地方的对立，隐含着一种分庭抗衡现象。二是将国家税收人为地分为国家税收和地方税收，极易引起地方政府重视地税，而不重视国税，甚至严重者挤国税，挖国税。三是对这种传统的“皇粮国税”不可少观念的影响。我国是一个传统的粮食大国，在农民的骨子里，他们认为，国家税收不能少，地税是归地方政府，零星分散，是地方政府巧立名目，乱收，可交可不交，可讨价还价，现有很大一部份纳税人在乡镇，特别是农民纳税人。三是就各级政府来讲，由于受财政分配体制的影响，存在一级控制一级，下级没办法挖人家，那只有挖上级，当上级收入被挖得不够分时，上级就下文进行调整，形成了一种恶性循还。四是从税务机构团结协作来看，利大于弊，出现攀比、争让、争推税源，如税源，税收计划完成好坏二家征管的力度不一样，国税税收任务轻，在征管上国税对有些税就可以可收可不收，不会相办法去增加收入，认为反正税收任务能够完成；而地税由于各级政府对任务层层加码，任务相当重，在这种情况下，他们只得加大征管力度，相方设法去完成任务。再一个就是攀比，即在福利、工资、基层建设、工作条件等方面相互攀比，造成了新的财政支出，扩大了行政经费。有的地方法制观念不强的，当国税税源好时就把国税让给地方征收，导致了买税卖税，导致了腐败。
(二)从经济角度来分析。市场经济就是法治经济，就是讲究效率。税务机构分设,忽视了管理效率原则,引起征税成本和纳税成本的大幅度上升。机构重叠,人力、财力、物力浪费。有些按算术级增加,有些按几何级增加。一是增设机构使经费开支扩大了一倍，如办公场所、办公费用、交通通讯、基建等，一个县以100万元计算，全国有3000多个县，就这些重复费用全国就要3000多个亿元。二是增加税务人员支出，机构分设在人员问题上，基本上是国税人员70%，地税人员30%，国税垂直管理到国家税务总局，地税有条块结合管理，开始主要以块块管理为主。征税程序分设前与分设后基本没有两样，需要的人员就必须增加一倍。人员的增加紧接着就是人员工资、福利、服装等费用，每人年2—3万元，全国以100万税务人员计算，每年就人员开支就200—300万元。三是增加办税手续等费用，扩大了纳税人的奉行成本，包括登记费、填表费、缴税跑路等费用，增加了纳税人的间接费用。我们先从一组数据可以看出，我国各类纳税人五千多万户,仅从国、地税两方分别办理税务登记一项(办两个税务登记),每户税务登记在一个税务机构的费用按100元计算，纳税人办一次税务登记就得多花掉50多亿元人民币,而且在登记有效期内的每年还得验证,期满后还得重新换发税务登记,另外,纳税人还得承担国、地税两方的税务检查,纳税申报上还得分别报送等这些无法统计的费用。四是增加了征管成本，如重复开票、重复检查、重复宣传，缴了国税又要缴地税（如城建税和教育费附加），由于机构分式后国税和地税已经成了两个部门，无论是征管还是检查、宣传，基本上是各唱各的调，互不干扰。国税搞了地税还要搞，征管成本增加也一倍。再如目前的稽查机构多为单独组建,稽查分局国地两局都有,检查工作一开展都以本局所辖税种为依据。"大路朝天,各走一边",各自检查各自的,谁也不理会对方的事情。五是增加了征管改革的成本，同是一个县市国税可能定为改革重点,而地税就可能不为重点;有的地税为改革重点,而国税又可能不为重点。为体现科技加管理的方针，一个县仍致一个市，只要一个办税中心，有的在申报大厅建立中,各建各的,各设各的,信息不传递,征收不联合,形成双重建厅,重复投资, 现在每个县、市都有两个办税中心即增加了一倍，同时也增加了信息化建设的二套设备的成本。另外，为搞好征管改革的宣传，他们各宣传各的，从而也加大了税收成本。
（三）、从思想文化角度来分析。一是从国税和地税词汇的含义上解，包括从税收的意义的外延来讲，发生了变化。本来国税、地税都是国家税收，纳税都是公民应尽的义务，现在机构分设，从人们的思想意识上看，国税是中央税，地税是属于地方的税收。地方税有地方管理，地方官员往往维护地税的热情高，维护国税的热情低，没有利的就不管。领导这样，老百姓就更是如此，不利于培养公民的祖国观念、集体观念，产生了思想认识上的误区、误解。二是从税收宣传标语上看，容易给社会产生思想意识的混乱。如：国税：国家税收取之于国家用之于国家，地税：地方税收取之于地方用之于地方；国税：全社会都来支持和关心国家税收，地税：全社会都来支持和关心地方税收，财政：全社会都来支持和关心农业四税；国税：依法缴纳国家税收是每个公民应尽的义务，地税：依法缴纳地方税收是每个公民应尽的义务，财政：依法缴纳农业四税是每个公民应尽的义务；给人们带来一种税收多，负担重，易引起混乱。三是从各级政府之间的角度来看，各级政府之间的混库、串库，不执行统一税收政策观念，久而久之产生挖国家、利地方，实质上是损人利已，无法无天的思想，领导损中央利地方，公民也会损人而利已。同时，也容易产生对立意识，如属于中央收入的找理由逃避，属于地方的抓得特别紧，此紧彼松，久而久之就是放松了对纳税人的管理，不利于纳税人法制意识的提高。
（四）从管理角度来分析。一是执法尺度不一，引起纳税人和社会各界对税收法制的怀凝。地方税的管理由地方税务局依据政策、法令的规定,结合本地实际可制定贯彻执行的具体措施和征管办法，由于国税管理了一部分地方税收,措施和办法往往不尽一致,即使同一个地方都难以统一。如个体饮食行业，双方都有管，地税采用限额剪开式发票（能较准确地核定税负），国税却采用多页填开式发票〈不利于准确核定税负〉。纳税人宁肯多花钱改变经营性质(变个体),也要领取后种发票,其中利弊可想而知,只是为了少纳税收，在双定税负方面,即使是同一地段,同等经营条件的不同纳税人,一边是国税管,另一边是地税管,税负难以统一。二是服务质量不一，直接影响政府机关形象。服务质量受到一定的物质条件的限制，国税服务环境、服务设施优于地税，政府就会出现倚重倚轻的现象，不利于政府公正、公道形象的树立。三是管理手段不一，信息不能共享，加大工作量，影响效率的提高。国税推行金税工程比较早，地税由于受当地经济的影响则较迟，且不一样，使税收信息不能共享。由于管理手段不一，增加社会负担，也不利于内部、部门之间制约机制的形成，影响社会效益。
二、对建立有中国特色的税务机构的设想
笔者认为分税制的核心应是分事权、分财权、分税权、而不是包含分设税务机构。应采取较优的又是兼顾效率、管理的办法方面进行考虑,实行多环节多层次监督制约，建立适应我国加入WTO后的中国特色的税务机构模式——一套税务机构，实行国家税务总局垂直管理，税务稽查实行经济大区以下垂直单列的模式。
1、统一思想，转变观念，调整现有机构设置。从国内来讲，上述问题的存在,并不是少数的,个别的或局部的现象,而是极为普遍的，且逾演逾烈，有极严重的负作用,危害是极大。一是使国家宏观调控和组织收入的功能有所损耗,税制改革受阻；二是使税务部门的社会形象受到影响,征收力度削弱;三是使税企关系不融洽,产生对立情绪;四是使纳税单位和个人的生产经营活动受到影响。由此说明，我国不易进行机构分式。
从国际来讲，就美、加等西方国家经济学界和政府而言,提倡简化税制与拓宽税基，堵塞漏洞,从而直接降低征税成本外,还研究不同税种、不同征税方式、不同纳税单位等的选择与相应的征税成本的关系。例如,就一般而言,纳税单位越多,则相对应的征税成本就越大等。在财政赤字不断增大的条件下,降低征税成本支出,自然也是政府应考虑的重要因素之一。虽然我国从税制结构设计上考虑了上述因素,但从征收管理上没有作进一步的研究和根据我国的财力、物力、人力进行综合分析,决定了我国实行分税制不必要实行机构分设。就拿实行分税制的市场经济发达的法国来说，也未分设机构。高速发展的韩国也未分设机构。
因此，税务机构不易分设,执行中央至地方一条线垂直管理。即实行国家税务总局垂直管理，国家税务总局为国务院的税收执法机构，为了排除各级政府对税收政策的干预，省一级应按区域设置，设立区域税务分局，即东北区税务分局：辖黑龙江、吉林、辽宁，华北区税务分局：辖北京、河北、天津，华南区税务分局：辖广东、福建、浙江、上海、海南，华东区税务分局：辖江西、江苏、安徽、山东、湖北、湖南、河南，西部区税务分局：辖广西、贵州、云南、四川、重庆、新疆、西藏、甘肃、陕西。各省级设立 省（市、区）税务征收管理中心和 省税务稽查局，两个单位系平级单位。即国家税务总局—经济大区税务分局—省级税务征收管理中心—地级税务征收管理中心—县级税务征收管理中心—经济区域税务征收管理中心所；税务稽查省以下垂直单列的模式，即经济大区税务分局—省级税务稽查局--地级税务稽查局--县级税务稽查局。征收管理中心和税务稽查局两套机构各负其责，一个省、市、县、经济区域只设一个税务征收管理中心，负责辖区域内的税收征收管理，内设一个办税厅；一个省、市、县只设一个税务稽查局，负责所辖区域内的所有税种的稽查。这样就减少了税收征收成本，增加了制约机制，征收管理中心和税务稽查局两个机构可以互相制约，也便于两个机构的考核。
省级税务征收管理中心--地级税务征收管理中心--县级税务征收管理中心--经济区域税务征收管理中心所
国家税务总局 — 经济大区分局
省级税务稽查局--地级税务稽查局--县级税务稽查局
2、完善税制，调整财政分配体制，建立一个有中国特色的税收体系。目前,中央几大主体税种改革全部到位,体系基本完善。但地方税体系却远未到位,一是主体税种不稳,如营业税、企业所得税的税基经常被侵蚀。二是骨干税种不到位,如城市维护建设税、房产税、社会保障税、遗产税和赠与税等迟迟不能出台;三是已出台的税种征收量不能到位,如个人所得税征管难度大,难以做到足额征收、流失严重。这些都影响了地方固定收入。另外,在税收管理权限方面,过分集中,不仅地方税的立法权集中在中央,政策解释权、调整权、减免税权等管理权限也集中得过多,地方税地方无权管理,就不利于调动两个积极性。因此,着力建立两个税收体系,并赋予相应的管理权限,是当务之急。建立并健全两个税收体系,重点是地方税体系。 (1)要加快城市维护建设税、房产税、土地使用税等的立法工作,尽早出台实施；(2)要研究开征社会保障税,有计划地将其列入地方税体系的主体税种。(3)要保护营业税、企业所得税等地方税现有主体税种的税基。（4）地方税体系中的主体税种的税权要有一定程度的下放,中央控制基本的立法权和开征权,税率调整权,减免权可以下放,次主体税种,中央控制立法权和开征权,其余权力下放,辅助税种的权力可以完全下放给地方。设置好税种后实行收支两条线，税款收上后由国库进行分配，同时集中税权，良好的税制，没有依法的管理，等于税制是无效的。
迅速推进和规范省级以下各级地方政府的分税制。合理确定省以下各级地方政府的财政收入,改变沿用隶属关系和企业性质来划分地方各级政府收入的做法,消除地方各级政府之间相互挤占,争抢收入的状况,特别要注意从体制缓解县级财政困难的问题。要贯彻“科技加管理”的方针，进行规范征管体系。没有科学严密的征管体系就不能保证科学严密的组织体系。
3、严格税收法制，加强司法保障。从税收立法方面来看,一要制定出统帅各个单行税法的《税收基本法》或者叫《税法通则》,用法律的形式确定各级税务部门的地位,税收的基本原则,管理体制、税收体系、分配方式等,从而确立各级税务部门的工作行为规范。二要有计划有步骤地把现行的各种税的暂行条例上升为法律,以提高税收的权威和法律效力。三要加快内外资企业所得税合并步伐，为内外资企业创造公平竞争的税收环境。四要抓紧研究制定与市场经济密切相关的税收法律。如《社会保障税法》、《遗产税法》等。同时，好的法律要抓紧实施,一是要加大税法宣传力度,提高全体公民的税收法律意识和纳税观念,让纳税人知晓税务系统分设情况及各自的职能作用。二要迅速提高税务机关的执法能力,包括税务人员素质的提高,装备的改进以及建立科学严密的税收监控网络等。三要注意发挥税务中介机构代理办税和协税护税方面的作用。四要加大对税务违法行为的惩处力度。总之,只有完善的税收法制,才能从根本上保证各级税务部门的权责关系更加规范。
同时，改善税收环境,税收与法制是不可分割的,为确保税务执法权的独立行使,就要求税务机关独立行使行政权和法律权,真正赋予税务机关搜查、扣押、没收、拍卖、查封、冻结银行存款等必要执法权力,尽快建立和完善税收执法保障体系,设立独立的税务警察机构、税务法庭等一系列完整的税务司法监督保障体系,保证税收执法的规范性,增强依法治税的威慑力。
4、实行人事制度改革，消除富余人员。一是在正确实行分税制的前提下,各级应根据各自建立的税收制度征收管理的需要,本着精简、效能的原则,组建各自的税收征收管理中心和税务稽查局。对目前已自上而下直到税务所层层设立的两套税务机构，应下大力气进行精简撤并,解决机构朦肿,人浮于事的问题，精简机关,充实征管第一线人员,真正落实向征管向基层"倾斜"的政策，大力减少各种会议、文件、报表等,简化办事程序,提高办事效率,引进现代化管理设备,推进税收征管现代化。二是做好富余人员的思想政治工作，对富余人员采取转行、自谋职业等方式解决。三是尽快建立税务代理制度,注意做好税务咨询和协调，把税务代理引入市场经济，将富余人员充实到税务代理机构中，为纳税人搞好税收筹划和服务。
5、整合机构，盘活资产，提高资产使用率。对现有机构中的财物进行清理，该处理的处理，该拍卖的拍卖，让售部份财产，盘活资产，以少而精为原则，把所有的资金和精力用在“科技加管理”上，加快税收征管信息化建设，运用现代化手段装备税务稽查，以提高资产的使用率。