电子商务的发展前景无疑是非常远大的，但是鉴于我国起步较晚，信息化和网络化程度不高等原因，要在全国顺利普及，还有很多问题需要解决。
网络基础设施建设问题
要想实现真正实时的网上交易，要求网络有非常快的响应速度和较高的带宽，这必须由硬件提供对高速网络的支持。而我国由于经济实力和技术方面的原因等，网络的基础设施建设还比较缓慢和滞后，已建成的网络其质量离电子商务的要求相距甚远。另一方面，上网用户少，网络利用率低，致使网络资源大量闲置和浪费，投资效益低，严重制约着网络的进一步发展。同时，与银行、税务等十几个部门的联网尚未实现。因此，如何加大基础设施建设的力度，提高投资效益，改变网络通信方面的落后面貌，应是促进电子商务应用普及的首要问题。
政府的角色定位问题
Internet是一个跨国界的网络，建立在其上的电子商务活动必然也具有同样的特点。如果各个国家按照自己的交易方式运作电子贸易，必然一事无成。所以必须建立一个全球性的标准和规则，以保证电子商务的顺利实施。同时，政府对电子商务活动不应过多地干涉，而应遵循电子商务的国际准则，尽量放权于企业。政府在其中起的作用应是扶持和服务，而不是控制和干预。当然，当交易中出现侵犯知识产权等现象时，政府应有及时、准确的行动。在我国，目前的电子商务应用普及面临的社会环境是：政企不分，信用制度不完整，流通秩序比较混乱，地方利益和部门利益纵横交错而滋生出形形色色的保护主义，面对如此境况，政府如何管理才能化消极因素为积极因素，推进电子商务应用普及，值得好好思忖。
安全问题
安全问题是企业应用电子商务最担心的问题，而如何保障电子商务活动的安全，将一直是电子商务的核心心研究领域。作为一个安全的电子商务系统，首先必须具有一个安全、可靠的通信网络，以保证交易信息安全、迅速地传递；其次必须保证数据库服务器绝对安全，防止黑客闯入网络盗取信息。对于中国来说，网络产品几乎都是"舶来品"，本身就隐藏着不安全隐患，加之受技术、人为等因素的影响，不安全因素更显突出。目前，电子签名和认证是网上比较成熟的安全手段，而在我国大多尚处在对SSL协议的应用上，在SET协议上的应用试验刚刚成功，而要完全实现SET协议安全支付，就必须有一个CA认证中心，而目前在我国CA认证权的归属问题尚未确定，在信息安全保密体制上究竟谁来管理?怎么管理?采取什么有序的管理办法?这些问题亟待解决。
网上支付问题
电子商务的核心内容是信息的互相沟通和交流，交易双方通过Internet进行交流，洽谈确认，最后才能发生交易。这时对于通过电子商务手段完成交易的双方来说，银行等金融机构的介入是必须的，银行所起的作用主要是支持和服务，属于商业行为。但从整个电子商务网络的发展来看，将来要在网络上直接进行交易，就需要通过银行的信用卡等各种方式来完成交易，以及在国际贸易中通过与金融网络的连接来支付和收费。而目前我国各个国有专业银行网络选用的通信平台不统一，不利于各银行间跨行业务的互联、互通和中央银行的金融监管以及宏观调控政策的实施。另外，各行信用卡标准不一样，不能通用，尚不能用信用卡实现网上支付。
电子商务法律问题
作生意就避免不了发生纠纷，而网上纠纷又有其独特性。Internet是一个缺乏"警察"的信息公路，它缺少协作和管理，信息的跨地区和跨国界的传输又难以公证和仲裁，而如果没有一个成熟的、统一的法律系统进行仲裁，纠纷就不可能解决。那么，这个法律系统究竟应该如何制定，由谁来制定，应遵循什么样的原则，其效力如何保证? 这些都是现在制定法律时应该考虑的问题。
企业计算机应用水平落后、网络意识淡薄
目前我国绝大部分企业正忙于解决吃饭问题，信息部门设在总工程师办公室，大部分企业缺乏计算机，少数企业拥有计算机也主要应用于文字处理和计算，产、供、销、人、财、物等重要资源的管理，大多未实现电子化。信息加工和处理手段落后，信息处理能力仅是世界平均水平的2.1％，且仍以提供单纯的技术产品信息为主，不擅长动态信息的跟踪和获取。企业对电子商务的需求非常淡薄，12亿人中仅有210万网络用户，除去免费用户外，真正交费上网者很少，企业用户还没大量出现。企业的信息化只是在理论界、信息产业界热度很高，而在企业中热度并不高，从而造成经营决策的被动局面。
企业管理水平落后、经营方式陈旧
我国许多企业的管理处于主观、随意的经验管理阶段，而管理程序化、科学化是实现电子商务的基本要求。目前的不规范管理，只能使计算机简单模拟原来手工操作流程，从而加大系统实现的难度，增加投资成本，降低电子商务的投资收益率。电子商务的应用也会因公司的不同而五花八门，不仅不能提高工作效率，相反还会降低原来工作效率。同时，几千年来留下的传统的手工作业的商业模式在人们头脑中根深蒂固，要在现阶段改造这样的商业环境，以适应电子商务产生的新的市场竞争格局，是相当艰巨的。
商家信誉问题
电子商务的应用领域分两类：企业间交易和个人消费者与企业之间的交易。就其发展过程来看，它又必然经历一个从简单的商情查询到网上购物和实现交易的阶段。据调查，1997年消费者用于购买网上服务和产品的总价值为32亿美元，但上网寻找产品信息后再进行离线购物的达42亿美元，这说明建立通畅快速的购物网络并不困难，但建立成熟可靠的消费体系和互相信任的市场运作方式，绝不是一蹴而就的事。当传统的购物方式引发的各种纠分还在"3.15"消费者权益日频频曝光的环境下，消费者如何信任互不照面的网上交易?在这方面我们与国外的差距，技术手段上的原因是次要的，而人的基本素质却是根本的。