珠心算学习中，儿童要按既定的方法计算，在相当长时间内必须用一种的模式计算，在计算方法多样化以及计算中培养那种勇于创新的精神有一定局限，学习过多的独立思考，与人合作交流的习惯也培养不够。
珠心算学习让低龄儿童运用珠像运动计算，在形象与抽象之间架起了桥梁，对儿童初步的空间观念的建立，形象思维的发展，有很好的促进作用。珠心算学习儿童按照一定的模式计算，对学生定量思维、推理能力有一定作用，但思维的发散训练显得不足。而珠心算的学习中学生的学习方式相对比较单一、被动，缺少自主探索、合作学习的客观环境。
数学是一门应用科学，数学学习，应使学生在提出问题、分析问题、解决问题以及交流和反思等方面有所收获。珠心算学习对学生解计算题无疑是有好处的，珠心算学习按一定方法去练习，对学生提出问题、分析问题、解决问题的机会是有较大局限的。学生在较长时间内是不能改变算法，这对在问题解决中发展探索、创新精神，体验解决问题策略的多样性是不利的，特别是在学会与他人交流合作解决问题的过程，以及对问题解决的反思意识培养方面更是不足。
2、珠心算的计算优势逐渐丧失
我国新数学课程标准认为：“数学课程要重视运用现代技术手段，特别是要充分考虑计算机（计算器）对数学学习的影响，把现代教育技术作为学生学习数学和解决问题的强有力工具，使学生从大量繁杂，重复的运算中解放出来，将更多的精力投入到现实的、探索性的数学活动中去”。的确，现在在计算领域没有什么比用计算机（计算器）更令人放心，更准确、高效的完成任务。人们日常计算仅限于数目较小的运算，较大数目的计算可以随时找到计算器，我们己完全没有必要让多数学生仅仅为计算技巧（或者算得更快）而花大量时间学习珠心算。但并不是说，人不需要必备的基本计算技能，数学课程标准明确的指出了小学“三位数以内的加减法每分钟要求完成２－３题，两位数乘两位数的乘法每分钟１－２题，除数是一位数、被除数不超过三位数的除法每分钟１－２题…”。因此，可以说因为“计算”而发明的算盘，己经逐渐失去了其“计算”的优势，那种以计算为主要目的的珠心算是没有市场的。如果不是其教育益智以及开发大脑功能作用的挖掘，它已经进入了历史博物馆。由此可见正确认识珠算的计算功能是每个珠心算工作者的责任－－我们绝不能掩耳盗铃。
3、长期珠心算学习的不足。
①没有必要大面积的培养计算神童
珠心算作为一种计算方法具有其它算法不同的特点：易学、易迁移，难练、难巩固。“易学”指直观、形象，一学就会（包括学前儿童），“易迁移”指只需会２０以内加减法，便可以很快正迁移到百以内、万以内甚至亿以内的加减计算。“难练”指珠心算的技巧形成中，不论是任一指法训练，还是珠心算的扩位，都要通过何止千遍、万遍形成的，这种枯燥的拨珠仅仅是一种简单的重复，儿童久练是有厌倦情绪的。“难巩固”指珠心算技能形成以后，如果不勤加练习，计算能力是会退化的，也就是说：要保持较高珠心算水平，必须坚持练习珠算。如以下六位同学均在学习珠心算时平均每天２个小时以上的训练量，珠算水平达全国珠算等级鉴定最高级能手一级，并多次在重庆市以及在全国比赛中获奖，2000年8月调查其计算保持能力情况如下：
=====现年龄/停练时间/乘算最高水平/现水平
郑莉莉---16-------4年---听心算４位乘５位---乘心算３位乘３位
陈 宏-----16------4年----听心算４位乘５位---乘心算2位乘３位
蒋 俊-----16------4年----听心算４位乘５位----乘心算2位乘３位
许金强----16------4年----听心算４位乘５位----乘心算2位乘３位
唐 浩------14-----2年-----听心算４位乘５位----乘心算３位乘３位
祝 浩-----12-------2年------听心算４位乘５位----乘心算2位乘2位
这里可以看出，他们经5、6年的练习停止练习2-4年后，仍不能保持较快、较准的心算３位乘３位以上。而象他们这样经珠心算训练达到这种高水平的是少数，训练初往往有10－20人参加，由于较枯燥的训练，以及需长期的持之以恒，最后能留下的只有约20%.其余80%则只是花较多的时间达到较好的水平（由于珠心算难保持，故未到阙值的学生训练水平保持效率是很低的），经调查四年级以上学生两、三位计算76.6%是逐位用竖式计算，而非心算写得数。
2001年5月对采用心算的情况的调查
年级/人数/20以内/2位数/3位数
四----46-------31------10-------5
五----52-------41-------9--------2
六----56-------46-------8--------2
从调查可以看出，一般计算教学20以内的加减法是重点，也是“三算”和珠心算重点，这是非常重要的。因此，“三算”计算重点仍是突破20以内加减法和表内乘除法。花大量时间训练大面积学生的高难度计算能力，肯定是弊大于利。