《雍正朝起居注》中记载在清雍正二年四月初七，雍正对大臣们不乏抱怨地说过：“尔诸大臣内，但有一人，或明奏，或密奏，谓允禩(胤禩)贤于朕躬，为人足重，能有益于社稷国家，朕即让此位，不少迟疑。”这样有失分寸的话出自一个即位已经两年的皇帝之口，足以说明这位皇帝当时所处的地位以及他的对手的威望。雍正这么说，底气不足的同时也是警告大家不要站错了政治队伍，年羹尧同样也在被警告之列。清雍正二年十一月十三日，也就是即将吹响清洗年羹尧号角的前两天，雍正说：“在廷诸臣为廉亲王(胤禩)所愚，反以朕为过于苛刻，为伊抱屈，即朕屡降谕旨之时，审察众人神色，未尝尽以廉亲王为非。”雍正这里说的“在廷诸臣”显然包括年羹尧，因为同一天，雍正再给李维钧的奏折批示上写道：“近日年羹尧陈奏数事，朕甚疑其居心不纯，大有舞智弄巧潜蓄揽权之意。”还要李维钧逐渐和年羹尧疏远。此前有人判断指责揆叙、阿灵阿这些皇八子胤禩的死党的主意可能来自于年羹尧，雍正立刻加以否认，这从侧面也反映出雍正、年羹尧在处理胤禩集团上的一些分歧。雍正对胤禩、胤禟包括胤禵都要除之而后快的，可年羹尧却有一点不同看法，年倒不是同情他们，而是觉得没有必要这么穷凶极恶，然而，年羹尧这么考虑问题却犯了雍正的大忌。雍正本来就对打击胤禩集团有些底气不足，需用借助年羹尧、隆科多的响应，偏偏这两个人在这个问题上不那么百分之百地顺从，雍正后来说整治年羹尧在他看来是“深悉年羹尧之伎俩，而知其无能为也”。这说明雍正并不担忧年羹尧个人会有什么不利于皇权的举动，而且年也不敢，雍正最为担心的是以年羹尧这样的身份和这种“糊涂心思”一旦给胤禩集团加以利用，那就麻烦大得很了。因为雍正能有今天的局面靠的就是内仗隆科多、外倚年羹尧，而且年羹尧不同于隆科多，他手握重兵、远悬西北，如果有人以他为外援的话，给新皇帝造成的压力就不容忽视，这也就是雍正念念不忘地多次引用当时一句谣言即“帝出三江口、嘉湖作战场”来警告年羹尧的理由所在。

另外，年羹尧随着恩宠的加重不但没有提高自身的审慎，反而有些骄恣，他给督抚、将军的行文不以对等的口气，而是用长官训诫僚属的口吻、规格，这就是等于把他自己凌驾于督抚之上。在年羹尧的身边聚集了一大批官员为之喝彩、奔走，隐然形成了一个年氏小集团，雍正自己当年依靠结党获取皇位，所以，他对于臣下结党最为忌恨，年羹尧几乎没有遮掩地提拔他自己的亲信，虽然这方面雍正给了他一些特权，可年羹尧却错会了雍正施恩的真正意图在于要他谨守臣节而不是飞扬跋扈。种种诱因让雍正感觉除掉年羹尧、隆科多比之清洗胤禩、胤禵、胤禟更为重要，一则年、隆的实力看涨，他们不同于胤禩、胤禵、胤禟已经身列异党，而是以皇帝的宠臣面孔出现，如果不及早地清算他们，必然让更多产生误解的臣僚加以追随，尾大不掉的形势就会益加严重；二则清洗年羹尧、隆科多可以展现新皇的权威，所谓赵孟能贵之、赵孟能贱之。年羹尧能从川陕总督变成一等公、抚远大将军，也能从一等公变成一等罪人，这些霄壤之别都来自于皇帝一人的手段；三则清洗年羹尧、隆科多能让胤禩党人彻底断了借此二人兴风作浪的念头。有此三点，年羹尧不死也得死了。