年羹尧第一次进京荣耀无比，第二次则有些实质性的变化。雍正嘴上说他“公忠体国”，实际已经开始打他的主意。年羹尧是十月份到的北京，十一月十三日，雍正就跟年羹尧的好友、直隶巡抚李维钧打了招呼，要他疏远年羹尧。李维钧原本是年羹尧推荐给雍正的，李的妻子还是年羹尧的亲信的干女儿，两家走得很近，雍正给李维钧吹风表明年羹尧的问题已经提上了日程。紧接着，高其倬等封疆大吏都先后收到雍正的秘密批示，要他们逐渐和年羹尧划清界限，站到皇帝这一边来。与此同时，雍正提拔年羹尧的对立面李绂、蔡珽，李、蔡当年本来是年羹尧在雍正面前提起来的，后来因为一些个人恩怨，双方闹得很不愉快，雍正就利用这一点，给李、蔡打了招呼，让他们出面揭发年羹尧。雍正在做好了收拾年羹尧的准备工作以后开始有计划地敲打年羹尧了。清雍正二年十二月十一日，他阴阳怪气地在年羹尧的奏折上批示道：“凡人臣图功易，成功难；成功易，守功难；守功难，终功难。为君者，施恩易，当恩难；当恩易，保恩难；保恩易，全恩难。”言外之意就是告诉年羹尧，既然做臣子的守功难，那也就别怪做君主的“保恩难”了。可惜年羹尧还认为雍正不会对他怎么样，就在下一年，即清雍正三年正月，又办了一件臭事被雍正彻底抓住了借口。这一年的正月，年羹尧的亲信胡期恒弹劾陕西道员金南瑛，年羹尧没有想到这位金南瑛大有来头，他是雍正的头号心腹兄弟怡亲王胤祥保荐来的，参奏金南瑛就等于给胤祥下不来台，而在此之前年羹尧对于胤祥已经缺乏足够的礼貌，讥讽胤祥表里不一，雍正如今看他旧病复发，再次对胤祥进行挑衅，不禁勃然大怒，公开指责年羹尧、胡期恒大搞朋党。二月里，年羹尧把奏折上称赞皇帝的“朝乾夕惕”写成了“夕阳朝乾”惹怒雍正，雍正小题大做地指责年羹尧，进一步威胁年羹尧说：“(年羹尧)不欲以朝乾夕惕四字归之于朕耳……年羹尧青海之功，朕亦在许与不许之间而未定也。”堂堂清帝国的最高当局和他的臣下竟然像小孩子“过家家”玩游戏一样夸张，做臣子的因为笔误写错了字，皇帝就说你过去的军功我可准备反悔呢。这样子闹来闹去的结果就是一条，那就是让年羹尧尽快下台。四月，年羹尧被罢去抚远大将军，调为杭州将军，清初的这几位抚远大将军的命运都有些差劲，图海做抚远大将军，野史上记载此公后来是给康熙吓死的；福全做抚远大将军，因为作战不够彻底也被责罚；胤禵做抚远大将军不仅丢了皇储还差点赔上一条性命；至于年羹尧则彻底玩儿完。

政坛上历来都讲究“墙倒众人推”，年羹尧一旦失宠，他的朋友忽而都变成了仇敌，李维钧首先大骂年羹尧“冒滥军功、侵吞国帑”，继而李绂便直接请求皇帝处死年羹尧，田文镜也主张诛杀年羹尧。在对年羹尧落井下石方面，雍正的亲信当中数李绂、田文镜扔的石头最大。清雍正三年九月，雍正下令逮捕年羹尧，十二月议罪，给年羹尧列了92条大罪，十二月赐死年羹尧。就在年羹尧死前一个月，他的妹妹、也就是雍正的贵妃年氏也病死，有人认为她如果活着的话，年羹尧家族或许还会被从宽处理，这是不可能的，