但是，目前的“乡政”也存在诸多问题，极大地影响了乡镇政权的施政能力，乡镇政权的社会动员能力呈下降趋势。（1）体制上冲突。乡镇政权体制存在诸如党委一元化领导和一体化运作的现状与党政分开的改革目标及乡镇长负责制之间的冲突；乡镇人民代表大会的法定权力受到一定程度虚置；政府职能部门条块分割，乡镇政府的管理职能受到肢解，政府功能和权力残缺不全等问题。（2）人员臃塞，乡镇财政负债严重。目前我国乡镇政权吃“财政饭”和“事业饭”的人数普遍在100—200人之间，有的甚至超过500人。乡镇政权人员的臃塞，势必增加乡镇财政的负担。据对全国81个农民负担监测县调查，平均债务额1098.6万元，平均净负债708.2万元。乡镇财政濒临破产。[5]（3）乡镇干部整体综合素质较低及激励机制欠缺，工作效能差和制度化程度低，其行为具有明显的短期性和寻租性，贪污腐败现象较为严重。特别是有些地方为了缓解乡财政的负担或乡镇干部自己获利，采取各种名目增加农民负担，并在与民争利时采取许多非法的失范行为，造成干群关系紧张，乡镇政权处于从农村获利和维护农村安定的两难之中。 

    为了解决乡镇体制存在的问题，各级政府一直在进行积极的探索。目前有两种不同的改革方案：（1）强化乡镇体制。主张者认为，应该继续强化国家对农村社会的主导作用，大力加强乡镇体制建设，其中在规范乡镇各政权机构相互之间的关系同时，采取各种办法提高乡镇干部的素质并努力使其行为制度化，特别是要县级政权要简政放权，下放各部门在乡镇的下设机构，以改变目前乡镇体制上条块分割的状况而提高乡镇政府的工作效率[6]。有研究者认为，要强化乡镇体制，还必须将社会体制的下线伸入到村[7]，即将政府组织延伸至行政村，实行“乡治、村政、社有”[8]，也就是将村级组织的行政功能扩大或制度化，在村一级实行行政化体制，在村民小组一级实行村民自治体制。（2）弱化乡镇体制。持这种观点者认为，乡镇政权建设应该遵循转型期以来中国农村政治发展的历史逻辑，即“随着国家对农村经济依赖性的减弱和农村市场经济的发展，以及传统的权力文化向现代权利文化的转变，国家的行政权力将逐渐退出农村的政治领域，农村社会将最终完成从身份到契约的过渡，实现从传统的专制家族社会向现代民主的个体社会的转型”[9]。其政策性主张是撤乡并镇，在确保国家基本行政职能下沉的同时，逐渐实现国家行政权力体制上移，达到乡镇社区自治。事实上，近几年来，在一些市场经济较发达的地区，开始实行乡镇规模调整，有的地方有1/3的乡镇被撤并，取得了一定的成效[10]。 

    毫无疑问，现代国家是不可能放弃也不应该放弃对农村社会的管制。因为，如果没有国家强制性的影响，传统农业是不可能走向现代农业的。而且更为重要的是，没有农村的发展，国家的稳定和发展都缺乏基础。问题只是，在市场化进程中，应该建立什么样的管理模式，才能实现农村社会现代化这一目标。在现实的农村政治中，乡镇权力体系往往表现出很强的自我扩张惯性。这是由行政支配主导型和缺少约束制衡的体制特点所决定，其最为根本的原因是利益的驱动。从目前农村社会的基本情况来看，国家对农村社会的管制能力并不完全取决于行政性的“命令—服从”模式如何有效，而应该主要建立一种“法制—遵守”模式。也就是说，国家应该通过一种法制方式，将国家在农村社会的利益和国家对农村社会发展的主要目标，通过强制性的法律预期确定下来。在这种“法制—遵守”模式中，应该将农村社区事务、国家目标进行适当的区分。对于诸如各种税收、计划生育和国土管理等国家目标，则依靠法律手段，进行职能部门的法制管制；对于农村经济的管理，根据市场化的进程，应该从直接管理过渡到利用非行政手段的宏观调节。而对于农村社区性事务，应在国家授权性的法律权威下，实现广泛的自治，在村一级实行村民自治，在乡镇一级实行社区自治。