但是，村民自治在实践中普遍存在深层次的体制性冲突：（1）农村基层党组织与村委会在权力关系上的冲突。农村基层党组织作为国家实现对农村社会一体化整合的工具，在村级正式组织中处于领导核心位置。可村委会作为村民自治组织，是以国家法律的授权为依据、以全体村民的民主选举为基础的，在法律上并不具有服从村党组织的义务。两者权力来源和职权不同的客观存在，必然影响到农村政治的统一性。而为了解决这些冲突，有些地方在乡镇党政的支持下，采用控制选举、用党支部会议代替村民会议、以党组织替代村委会行使职权等所谓一元化领导和一体化运作的方式来控制农民自治组织。其结果是改变了村民自治的民主性。（2）国家行政权力与村民的自治权力之间的冲突。从国家立法上来看，村民自治否定了公社体制时国家政权与农村组织特别是乡政府与村委会之间的行政隶属关系，将过去那种领导与被领导关系转变成为国家政权对基层自治组织的指导关系。这种相互关系的变化，最主要表现在，村委会主任、副主任和委员均由村民直接选举产生；农村权力的基础已由上级授权而改变成了村民授权。这种改变必然影响到国家行政权力对村委会的管辖权限及行为习惯等问题，也必然影响到乡镇政权的权威。乡镇政权为了维护自己的施政能力，一方面通过强化对村级党组织的领导，并通过建立村级党组织来控制村民自治组织；另一方面则是实行“村财乡管”等措施来肢解村民自治组织的职权。（3）村委会的自治权与农民的经营自主权之间的冲突。根据《村组法》的规定，村委会不仅管理着村集体的土地和财产，还具有支持和组织全村发展经济的责任和义务，并需承担本村生产的服务和协调工作。因此，人们按照人民公社时期的习惯思维，将村委会视为集体经济组织。有些地方就借发展集体经济为名，将村委会职能扩大，不断强化村委会的经济功能，使之向经济组织方向发展，并以此来剥夺农民的经营自主权。 

    这些问题，实际上是有关国家权力与村庄自治权、社区组织与村民个人权利的边界问题。政治组织理论认为，任何权力边界模糊，也就意味着权利和义务关系的不确定性。这样，就会产生组织的不经济性和个人权利的不可预期性。组织的不经济性，不仅包括其运转成本，而且还包括其机会成本的增加，特别是因不必要的职能产生的代价。在一定意义上来说，这种代价就是由于其职能的无限度扩大而自身成本投入又明显不足或过剩所导致的与目标的实现没有内在必要联系的某种损失。为了克服这种不经济性，就必须有效而合理地确定村级组织的权力边界，明确其职能范围。目前最为现实的选择应该是：（1）真正落实村民自治组织的自治性，建立真正意义上的权力契约关系。村民自治作为国家在家庭联产承包责任制后，实行的一种农村政治安排，是在中国自上而下的权威体制内生成的这种“自治制度”，对广大村民来说，其选择空间是十分有限的。特别是有关村级织织的性质、结构和职权这些方面都不是村民自主选择的结果，而只能是在国家法律权威下形成的制度性安排。也就是说，在国家主义的权威导向下，要求广大村民这些“自治主体”完全按照国家的法律规定，建立符合基层政府意志的“自治组织”，因此，在村委会的设置和权力及村党支部的领导地位等方面，并不存在实际意义的约定和更改。要克服这些问题，就必须大力提倡法制权威下的契约精神，将乡镇党政、村基层党组织和村民自治组织真正作为法律上平等的政治主体，并促使其相关规则的制度化，以此来强化村民自治组织职权的刚性。（2）限制村民自治组织的经济功能，通过建立独立的经济合作组织，为农民走向市场提供组织性服务[14]。村民自治解决的是村庄内部的秩序及村庄与国家体制之间的秩序，并没有解决也不可能解决村民与社会，特别是村民与市场的关系。村庄内部的秩序，表明的是社区组织所必需的结构环境，是社区存在的根据和发展的基础，是政治学意义上的秩序，是有关与控制与正义相关的问题；市场秩序是经济学意义上的秩序，是有关交易赖以实现的市场伦理与信用关系问题。市场经济的发展，在一定意义上肯定了国家之外社会的存在。但是，处于市场经济背景下的农村社区并是一个完整意义上的社会，村民进入社会需要许多中间的渠道。村治体制不能够也不必要为村民提供市场化的组织，根本性出路是通过制度创新来满足农业市场化的组织性需要。从目前中国农村社会政治状况和各种组织资源来看，最为现实和有效的市场化组织，就是以平等主体为基础的、通过契约的方式建立的具有明确的权利和义务关系及合理退出机制的会员合作制组织[15]。